Bendera Kota Vatican ialah bendera rasmi Takhta Suci yang memerintah negara Kota Vatican dalam Roma, Itali serta kekuasaannya yang dipegang Paus terhadap kawasan tersebut; ia terdiri daripada sebidang dua jalur menegak berwarna kuning dan putih, sementara lambang Takhta Suci terdapat pada warna putih. Bendera ini mula digunakan pada 7 Jun 1929 apabila Paus Pius XI yang mewakili Negeri-Negeri Paus menandatangani Perjanjian Lateran dengan Kerajaan Itali.Bendera ini turut dipakai dan dikibarkan di semua gereja dan institusi milik atau naungan mazhab Katolik Romawi yang mewakili.